Kopi mulai terkenal di Indonesia semanjak tahun 1696 ketika Walikota Asterdam, Nicholas Witsen memerintahkan komandan pasukan Belanda di Pantai Malabar, Adrian Van Ommen, untuk membawa biji kopi ke Batavia. Kopi arabika pertama-tama ditanam dan dikembangkan di sebuah tempat di timur Jatinegara, yang menggunakan tanah pertikelir Kedaung yang kini lebih dikenal dengan Pondok Kopi. Beberapa waktu kemudian kopi arabika menyebar ke berbagai daerah di Jawa barat, seperti Bogor, Sukabumi, Banten dan Priangan, hingga kemudian menyebar ke daerah lain, seperti Pulau Sumatera, Sulawasi, Bali dan Timor.
Tak lama setelah itu, kopi menjadi komoditi dagang yang sangat diandalkan VOC. Ekspor kopi pertama dilakukan tahun 1711 oleh VOC, dan dalam tempo 10 tahun ekspor meningkat sampai 60 ton/tahun. Karenanya, Hindia Belanda menjadi tempat perkebunan pertama di luar Arabia dan Ethiopia yang membuat VOC memonopoli perdagangan kopi ini dari tahun 1725 sampai 1780.
Untuk mendukung produksi kopi, VOC membuat perjanjian berat sebelah dengan penguasa setempat di mana para pribumi diwajibkan menanam kopi yang harus diserahkan ke VOC. Perjanjian ini disebutKoffiestelsel (sistem kopi). Berkat sistem ini pula biji kopi berkualitas tinggi dari tanah jawa bisa membanjiri Eropa. Kopi Jawa saat itu begitu terkenak di Eropa sehingga orang-orang Eropa menyebutnya bukan secangkir kopi, melainkan secangkir jawa. Sampai pertengahan abad ke-19 kopi jawa adalah yang terbaik di dunia.
Sistem perdagangan kopi terus berlangsung meskipun kemudian VOC dibubarkan dan Hindia Belanda diperintah oleh perintah Belanda. Ketika Hermann Willem Daendels (1762-1818) memerintah, ia membangun jalan dari ujung bawat jawa sampai ujung timur yakni Anyer-Panarukan. Tujuannya untuk memudahkan transportasi prajurit Belanda dan surat-menyurat di tanah Jawa. Alasan lainnya, tentu saja untuk mempercepat biji kopi dari ujung timur Pulau Jawa mencapai pelabuhan di Batavia, dan selanjutnya dikapalkan ke Belanda untuk dijual ke Eropa.
Penderitaan akibat
koffiestelsel kemudian berlanjut dengan
cultuurstelsel alias sistem tanam paksa. Melalui sistem tanam paksa yang diciptakan Johannes van den Bosch (1780-1844) ini, rakyat diwajibkan untuk menanam komoditi ekspor milik pemerintah, termasuk kopi pada seperlima luas tanah yang digarap, atau bekerja selama 66 hari di perkebunan-perkebunan milik pemerintah. Akibatnya, terjadi kelaparan di tanah Jawa dan Sumatera pada tahun 1840-an. Namun, berkat cultuurstelsel itu Jawa menjadi pemasok biji kopi terbesar di Eropa. Di antara tahun 1830-1834 produksi kopi arabika di Jawa mencapai 26.600 ton, selang 30 tahun kemudian produksi kopi tadi meningkat menjadi 79.600 ton.
Produksi kopi Jawa mencapai titik puncaknya di abad ke-19 yang pada tahun 1880-1884 mencapai 94.400 ton. Saat itu, kopi memainkan peranan yang jauh lebih penting dibandingkan dengan gula tebu. Kalau nilai ekspor kopi rata-rata antara tahun 1865-1970 mencapai 25.965.000 gulden, maka dalam periode yang sama nilai ekspor rata-rata gula tebu hanyalah mencapai 8.416.000 gulden.
Kejatuhan kopi jawa dimulai ketika serangan penyakit kopi melanda pada tahun 1878. Setiap perkebunan di seluruh Nusantara terkena hama penyakit kopi yang disebabkan oleh Hemileia Vasatrix. Penyakit ini membunuh semua tanaman arabika yang tumbuh di dataran rendah. Kopi arabika yang tersisa hanyalah yang tumbuh di lahan setinggi dari 1.000 meter di atas permukaan laut.
Pudarnya kejayaan kopi jawa ini kemudian diisi oleh kopi arabika asal Brasil dan Kolombia yang terus merajai hingga sekarang. Meskipun demikian, sisa tanaman kopi arabika masih dijumpai di kantong penghasil kopi di Indonesia, antara lain dataran tinggi Ijen (Jatim), tanah tinggi Toraja (Sulsel), serta lereng bagian atas pegunungan Bukit Barisan (Sunatera), seperti Mandailing, Lintong dan Sidikalang (Sumut), serta dataran tinggi Gayo (Aceh).
Untuk menyikapi serangan hama ganas tersebut, pemerintah Belanda kemudian menanam kopi liberika yang lebih tahan hama. Sayangnya, varietas ini tidak begitu lama populer dan juga terserang hama. Lantas kopi Robusta mulai diperkenalkan di Indonesia di awal 1900-an untuk menggantikan kopi liberika dan arabika yang hancur lantaran hama. Kopi Robusta yang lebih tahan terhadap hama dianggap sebagai alternatif yang tepat terutama untuk perkebunan kopi di daerah dataran rendah. Saat ini, produksi kopi di Indonesia menempati peringkat keempat terbesar di Dunia.
